Matthew Henry est né près du Pays de Galles le 18 octobre 1662. Il a reçu une éducation principalement à domicile dispensée par son père, le révérend Philip Henry, et a également étudié à l'Académie Thomas Doolittle de 1680 à 1682. Bien qu'il ait initialement entrepris des études en droit en 1686, il a finalement choisi de se consacrer à la prédication dans son quartier.
Après la déclaration de liberté de conscience de Jacques II en 1687, il a été ordonné en privé à Londres, et le 2 juin 1687, il a entamé son ministère régulier en tant que pasteur non conformiste d'une congrégation presbytérienne à Chester, un poste qu'il a occupé pendant 25 ans. Bien qu'il ait refusé à plusieurs reprises des offres de congrégations à Londres, il a finalement accepté un appel à Hackney, à Londres, et a débuté son ministère là-bas le 18 mai 1712, peu de temps avant sa mort.
La renommée de Matthew Henry repose en grande partie sur son célèbre commentaire, "Une exposition de l'Ancien et du Nouveau Testament" (1708-10, également connu sous le nom de Commentaire de Matthew Henry sur toute la Bible). Bien qu'il n'ait pu l'achever que jusqu'à la fin des Actes de l'Apôtre, d'autres auteurs partageant ses idées ont préparé le reste à partir de ses manuscrits après sa mort. Cette œuvre a longtemps été considérée comme le meilleur commentaire en anglais à des fins de dévotion, et une édition élargie a été publiée pour la première fois en 1896. Au lieu de se concentrer sur une exposition critique, Henry privilégie les conseils pratiques, et ses commentaires contiennent une richesse de vérités. Il existe également un petit commentaire de dévotion sur la Bible de Henry, connu sous le nom de "commentaire concis de Matthew Henry".
Spurgeon, un célèbre prédicateur, a utilisé le commentaire de Henry et l'a hautement apprécié, affirmant : "Chaque ministre devrait le lire complètement et attentivement au moins une fois."
Matthew Henry est décédé dans le Cheshire des suites d'un accident vasculaire cérébral le 22 juin 1714.